Поделиться
IBM Blue Gene помогает ученым в поиске новых вакцин против ВИЧ
Исследователи из университета Эдинбурга (University of Edinburgh) и научного центра IBM имени Т. Дж. Уотсона (IBM TJ Watson Research Center) объявили сегодня о запуске совместного 5-летнего проекта, целью которого является ускорение разработки лекарств, препятствующих распространению вируса иммунодефицита человека (HIV, ВИЧ). Проект предусматривает, наряду с проведением лабораторных экспериментов, применение суперкомпьютера для моделирования процессов, происходящих на клеточном уровне.
В проекте, реализуемом в рамках сотрудничества университета Эдинбурга и IBM, предполагается использование мощных вычислительных технологий, а именно - суперкомпьютера IBM Blue Gene, в сочетании с новой экспериментальной методикой. Основные усилия будут сконцентрированы на исследовании собственно процесса инфицирования путем разработки ингибиторов (замедлителей химических реакций и биологических процессов) для той части вируса иммунодефицита человека, который отвечает за внедрение генетического материала ВИЧ в человеческую клетку.
В частности, планируется применение атомистических способов моделирования и специального ПО, выполняемого на суперкомпьютере с массовым параллелизмом IBM BlueGene/L в комбинации с высокоточными экспериментальными методиками для исследования свойств аминокислот и малых пептидов («строительных блоков белка»). Результаты этих исследований будут играть ключевую роль в создании нового метода антивирусной терапии, основанного на одновременной разработке множества лекарств для комплексной борьбы с мутирующим вирусом.
«Первые результаты, полученные нами, весьма обнадеживают. Они подтверждают возможность использования моделирования процессов на компьютере, чтобы узнать, какие молекулы ингибиторов способны остановить вирус ВИЧ и предотвратить заражение людей. Эти данные могут быть затем использованы фармацевтическими компаниями для быстрой разработки соответствующих лекарств», - отметил Джейсон Крейн (Jason Crain) из физического факультета (School of Physics) Университета Эдинбурга, научный руководитель отделения (Divisional Head of Science) Национальной физической лаборатории Великобритании (National Physical Laboratory). По его словам, это принципиально новый подход в создании лекарств. Сложные алгоритмы моделирования используются в сочетании с экспериментальными методиками для разработки улучшенных способов лечения.
«Одна из важнейших задач современной медицины состоит в поиске вакцины против вируса СПИД, — подчеркивает исследователь из IBM Гленн Мартуна (Glenn Martyna). — Сочетая экспериментальные исследования университета Эдинбурга с возможностями моделирования на самом мощном в мире суперкомпьютере IBM Blue Gene, мы сможем еще ближе приблизиться к этой цели».
Отметим, что это не первый глобальный проект по борьбе со СПИДом, в котором примет участие IBM. В прошлом году исследовательская лаборатория IBM в Хайфе (IBM Haifa Research Laboratories) в сотрудничестве с группой европейских партнеров разработала интегрированную систему лечения СПИДа под названием EUResist. Благодаря интеграции баз данных и передовых средств анализа данных, система EUResist может прогнозировать реакцию генетических модификаций ВИЧ на определенную антивирусную терапию. Возможности EUResist, таким образом, позволят врачам выбирать наиболее эффективные лекарства и их комбинации, и оптимизировать методы лечения.
Короткая ссылка
