Поделиться
Производительность суперкомпьютера лаборатории I-Scalare выросла вдвое
Группа компаний РСК объявила о двукратном увеличении производительности энергоэффективного суперкомпьютера, разработанного ее специалистами для решения сложных научных задач в лаборатории суперкомпьютерных технологий для биомедицины, фармакологии и малоразмерных структур I-Scalare (Intel super computer applications laboratory for advanced research) при Московском физико-техническом институте.
Лаборатория была создана на базе МФТИ в рамках гранта правительства России в 2010 г. Теперь, благодаря возросшей в два раза до 83,14 Тфлопс пиковой производительности суперкомпьютера, российские ученые смогут проводить более масштабные исследования, достичь очередных успехов в моделировании поведения вирусов и в создании в будущем новых лекарств для борьбы со многими опасными заболеваниями, говорится в сообщении РСК. Данный проект реализуется при участии сотрудников МФТИ и корпорации Intel, а ГК РСК разработала и установила инновационный вычислительный кластер на базе передовой архитектуры «РСК Торнадо» и высокопроизводительных серверных процессоров Intel Xeon E5-2690.
Контракт на текущее расширение суперкомпьютера в лаборатории I-Scalare был заключен компанией «РСК Технологии» (входящей в группу компаний РСК) и МФТИ в июле. Обновленный суперкомпьютер в МФТИ будет введен в строй в уже этом году. Модернизированный кластер будет состоять из двух вычислительных стоек, содержащих в сумме 224 вычислительных узла на базе двух процессоров нового поколения Intel Xeon E5-2690 (всего 448 процессоров, 3584 ядра). Использование самых высокопроизводительных моделей процессоров нового серверного семейства Intel Xeon E5-2600 стало возможным именно благодаря применению передового жидкостного охлаждения, являющего основой архитектуры «РСК Торнадо», пояснили в РСК. При этом обеспечивается поддержка большого объема оперативной памяти на один узел — 64 ГБ, что суммарно составляет 14,3 ТБ ОЗУ для всей системы.
Суперкомпьютер в МФТИ был разработан на базе инновационной архитектуры «РСК Торнадо» и реализован в рамках продуктовой линейки «РСК миниЦОД», что позволило обеспечить большую гибкость и линейную масштабируемость решения. Как отмечается, с момента создания этот вычислительный кластер фактически уже прошел два этапа модернизации, при этом его производительность вырастет более чем в 33 раза (со времени установки первой пилотной системы) при занимаемой площади менее чем 4 кв.м.
По информации РСК, за время использования суперкомпьютера в лаборатории I-Scalare уже достигнут целый ряд новых научных результатов. Например, исследовательская группа под руководством профессора Романа Ефремова при институте биоорганической химии РАН использует вычислительный кластер в МФТИ для исследования в области конструирования нового класса антимикробных соединений на основе природных лантибиотиков. В ходе развития данного проекта, проведения расчетов и моделирования получены микросекундные траектории молекулярной динамики (МД) мишени действия антибиотиков (молекулы липида-II) в мембране бактерий.
Использование обновленного суперкомпьютера лаборатории I-Scalare позволяет получать траектории такой длительности для систем, содержащих свыше 50 тыс. атомов, примерно за неделю. Для сравнения, если на вычислительном кластере на базе процессоров предыдущего поколения Intel Xeon E5450, активно используемом в настоящее время в ИБХ РАН, подобный расчет занимал бы примерно 100 дней, то сейчас благодаря высокой производительности суперкомпьютера даже еще до текущей модернизации скорость получения научных результатов уже увеличилась более чем в 14 раз, подчеркнули в РСК.
Анализ полученных траекторий МД позволил установить характерные особенности строения бактериальной мембраны. На модернизированном суперкомпьютере лаборатории I-Scalare в этом году будет проведено более детальное моделирование взаимодействия лантибиотиков с липидом-II в мембране. В перспективе такие исследования могут привести к созданию нового класса антибиотиков, не подверженных появлению резистентности у бактерий.
Короткая ссылка
